มนุษย์ได้รับผลกระทบสภาพแวดล้อมโคลอมเบียในหลายวิธี ปัญหาใหญ่ที่สุดคือตัดไม้ทำลายป่าของ Selva ภูมิภาคป่าดงดิบ ตัดไม้ทำลายป่ามักจะเชื่อมโยงกับการผลิตโคคาที่ผิดกฎหมายและเป็นที่คาดว่าประมาณ 120,000 เฮกตาร์ของป่าถูกทำลายทุกปี
อีกปัญหาสำคัญที่พบในประเทศมลพิษของน้ำมาจากสารเคมีที่ใช้สำหรับการเพาะปลูกของพุ่มไม้โคคา เพราะไม่ได้มีทรัพยากรในการดูแลของมลพิษที่พวกเขาออกมาในธรรมชาติและในที่สุดก็ลงไปในน้ำ ในภาคเหนือของประเทศโคลอมเบีย นอกจากนี้ยังพบ 170,000 ลิตร metylparathion, สารที่เป็นอันตรายมากและ 10000 ลิตร toxaphene, สารประกอบอินทรีย์ที่ไม่ย่อยสลาย
